منقول است آیت‌الله شیخ عبدالکریم حائری که بعد از مهاجرت از کربلا به ایران، مدیریت حوزه‌ی علمیه‌ای در اراک را بر عهده گرفته بود، در سفری که به قصد مشهد داشت، در مسیر خود چند روز هم در قم اقامت کرد. او با دیدن غربت حوزه‌ی قم در آن ایام، افسوس زیادی خورد و شاید همین موضوع هم موجب شد در سفر بعدی که به دعوت علمای قم به این شهر رفته و دست بر قضا با استقبال چشم‌گیر مردم هم همراه شده بود، تصمیم گرفت که به قم مهاجرت کرده و مدیریت حوزه‌ی قم را بر عهده بگیرد. از آن پس بود که او را «آیت‌الله مؤسس» نام نهادند.

با این اقدام، حوزه‌ی قم جانی دوباره گرفت و حال و هوای آن به‌کلی عوض شد. ورود آیات عظام سیدابوالحسن اصفهانی و محمدحسین نائینی به قم، و وجود شاگردانی چون سیدمحمدتقی خوانساری، امام خمینی، سید احمد خوانساری، سید محمدرضا گلپایگانی و محمدعلی اراکی و... موجب رونق و افزایش اهمیت حوزه‌ی قم شد به‌طوری‌که شمار طلاب آن به بیش از 1000 نفر در آن روزگار رسید. شیخ عبدالکریم از سه جهت در تثبیت و توسعه حوزه‌ی قم تأثیر داشت: مرجعیت، تحول در روش‌های آموزشی و زعامت علمی، و اداره‌ی امور حوزه.

پس از دوران آیت‌الله حائری، با تلاش افرادی چون امام خمینی، آیت‌الله بروجردی زعامت حوزه‌ی قم را بر عهده گرفت که بر شور و نشاط علمی حوزه دوچندان اضافه کرد. او با ارائه‌ی شیوه‌ی جدیدی از تدریس مباحث فقهی، نسلی از شاگردان را تربیت کرد که بعدتر جزو مراجع و اساتید مهم حوزه شدند. آیت‌الله بروجردی همچنین در زمینه‌ی موضوعات سیاسی- اجتماعی نیز اقداماتی انجام داد که می‌توان به مسائلی چون پیشنهاد گنجاندن درس تعلیمات دینی در کتب درسی مدارس و موافقت دولت با آن، پیشنهاد توقف قطارها در ایستگاه برای اقامه‌ی نماز مسافران، مقابله با نفوذ بهائیت در مراکز دولتی، حمایت از مردم فلسطین و صدور اعلامیه درباره‌ی آن اشاره کرد. پس از ارتحال آیت‌الله بروجردی، بسیاری از شاگردان او، گرداگرد امام جمع شدند به‌طوری‌که در درس خارج او، بیش از 400 تن شرکت می‌کردند. در این دوران بود که امام خمینی، با علم به تثبیت جایگاه و موقعیت حوزه در جامعه، اقدامات سیاسی و اجتماعی خود را گسترش داد. گرچه رژیم پهلوی، خیلی زود متوجه خطر امام شد و ابتدا او را زندانی و سپس به خارج از کشور تبعید کرد، اما به دلیل پرورش نسلی از "طلاب جوان و انقلابی" که حرف امام خمینی را تا دل شهرها و روستاها "امتداد" می‌دادند، نهایتا نهضت امام خمینی در سال 57 به پیروزی رسید. بی‌تردید «اگر طلّاب نبودند این حرکت این‌طور گسترش پیدا نمی‌کرد... طلبه‌ها بودند که این فکر را منتقل کردند به سرتاسر کشور.»(1394/12/25) در میان شاگردان امام، یکی از مهم‌ترین و مطرح‌ترین آنها، شهید بزرگوار مرتضی مطهری بود. «همان‌طور که ایشان شاگرد خوبی برای امام بودند و قدر امام را واقعاً ایشان می‌دانست و امام را می‌شناخت، امام هم این شاگرد خوب و ممتاز خودش را واقعا می‌شناخت.»(1363/02/10)